Т.к. иногда слоёв бывает штук за 200-300, сохранять каждый файл руками - не вариант. В GIMP не очевидно как это сделать.
Пришлось помучиться, поискать. Метод был найден на просторах интернета. Суть:

  • Выбираем опцию экспортировать, вводим расширение .ora, жмём экспортировать и терпеливо
    ждём(может сохранять около минуты)
  • Далее открываем файл в 7zip, все наши слои будут в папке data в формате .png, просто перетаскиваем всю
    папку в нужное место на диске.